Misją Muzeum jest upamiętnianie i upowszechnianie wiedzy na temat życia oraz nauczania Ojca Świętego Jana Pawła II, którego pontyfikat i przesłanie zajmuje wyjątkowe miejsce w polskim dziedzictwie narodowym. Muzeum stara się ukazywać kolejnym pokoleniom osobę Jana Pawła II – jako wzór człowieka szlachetnego, mądrego, otwartego na innych ludzi, cieszącego się autorytetem i szacunkiem.

Misja Muzeum obejmuje również wspieranie rodziny jako podstawowej, niezastąpionej wspólnoty kształtującej tożsamość człowieka, jego system wartości i postawę obywatelską, a także czynne uczestnictwo w budowie społeczeństwa opartego na wartościach chrześcijańskich.